Здравствуйте!
Не совсем понятно, какие именно накладные не списываются ( производственные, на внутреннее, продажа).
У нас не ведется учет серийных номеров, но могу предположить, что надо проверить настройки "Источники серийных номеров для произведенной продукции", "Алгоритм формирования серийных номеров". Причем настройки пользовательские, возможно что при входе в Галактику под другим пользователем, накладная спишется. Сбросить учет серийников можно через "Разрешать формирование расходного ордера без указания серийных номеров" ( да/нет). Это тоже пользовательская настройка.